Serial CSI: Kryminalne zagadki Nowego Jorku wzorowany jest na CSI: Kryminalne zagadki Las Vegas i opowiada o pracy zespołu laboratorium kryminalistycznego, który analizuje zebrane dowody i rozwiązuje sprawy zbrodni w Nowym Jorku. Detektyw Mac Taylor jest oddany swej pracy i wierzy, że wszystko da się ze sobą powiązać, a każdy ma jakąś historię do opowiedzenia. Dzieli on swoją pasję z kolegami z zespołu. Akcja rusza w momencie, w którym zakończył się sezon szósty, kiedy Shane Casey wziął małą Lucy jako zakładnika i trzymał Danny’ego na muszce.