Od aresztowania Vaughna minęło pół roku. Michael współpracuje z CIA w celu zatrzymania, osadzenia lub wyeliminowania wszystkich ludzi pracujących dla organizacji, która chciała go zdyskredytować. Okazuje się jednak, że ostatnia poszukiwana przez Michaela osoba umarła, pozostawiając po sobie wiele niedopowiedzeń i nierozwiązanych tajemnic. W kolejnej części sezonu Michael zostaje wrobiony w morderstwo współpracownika, co zmusza go do wyruszenia w pościg za prawdziwym mordercą. W końcu staje twarzą w twarz z człowiekiem odpowiedzialnym za jego dekonspirację. Mężczyzna szantażuje Fionę, aby w ten sposób zmusić Michaela do popełniania przestępstw.
