Po bliskim spotkaniu trzeciego stopnia nowa członkini tajnej organizacji MiB, agentka M, trafia pod skrzydła bohaterskiego agenta H w kosmopolitycznym Londynie. Razem mają rozwiązać sprawę dwóch zmiennokształtnych, intergalaktycznych zabójców, których ofiarą pada obcy arystokrata. Kiedy okazuje się, że gdzieś na Ziemi ukryta jest niszczycielska broń masowej zagłady, agenci postanawiają ją odnaleźć za wszelką cenę. W agencji, w której nigdy dotąd nie było mowy o zdradzie, zaczyna jednak roić się od podejrzeń. Czyżby w szeregach MiB ukrywał się szpieg?
